La nuova Aygo conferma il Toyota Safety Sense di serie, il sistema che raggruppa tecnologie di sicurezza attiva progettate per prevenire e ridurre le collisioni a diverse velocità di marcia, grazie al Pre-Crash, che rileva la presenza di veicoli di fronte alla vettura in un raggio di intervento compreso fra 10 e 80 km/h. Cè anche il Lane Departure Alert, che e aiuta a prevenire incidenti e collisioni se si devia dalla carreggiata.